तक्षशिला नगरी से राजा जगमल्ल की धर्मचक्र सभा के तहखाने से प्राप्त आदिनाथ की जिनबिंब को विधिपूर्वक प्रतिष्ठित किया गया। यह घटना शत्रुंजय के इतिहास में 14वें उद्धार के रूप में स्थापित हुई।
उसके बाद का लगभग बारह सौ वर्षों का इतिहास अज्ञात है या उसके आँकड़े उपलब्ध नहीं हैं। क्योंकि इतिहास के गर्त में धकेल दिया गया. इस दौरान की घटनाओं का कोई कालक्रम संरक्षित या उपलब्ध नहीं है।
अति प्राचीन इक्ष्वाकु वंश की क्षत्रिय परंपरा से शुरू होकर विकास के कई चरण, चौलुक्य युग (10वीं-12वीं शताब्दी), सोलंकी युग (12वीं-13वीं शताब्दी), मुस्लिम नवाबी युग (13वीं से 17वीं शताब्दी), का काल। अंग्रेजी शासन (18वीं-19वीं शताब्दी) और स्वतंत्रता के बाद से वर्तमान काल तक जैसे-जैसे विकास का क्षेत्र विस्तृत होता गया, समय-समय पर विनाश की आंधियां भी चलती रहीं।
शत्रुंजय महातीर्थ की ऐतिहासिक घटनाओं का प्रधान इतिहास सोलंकीराज के दौरान गुजरात के मुख्यमंत्री उदयन के समय से शुरू होता है।
श्री शत्रुंजयौधरप्रबन्ध से ज्ञात होता है कि श्री शत्रुंजय महातीर्थ के ऊपर मुख्य जिनमंदिर कलिकाल सर्वज्ञ श्री हेमचन्द्राचार्य, गुर्जर सम्राट कुमारपालदेव तथा महामन्त्री उदयन के समय लकड़ी का बना था। उदयन मंत्रीश्वर ने यह कहते हुए इसे पत्थर से बनाने की कसम खाई थी कि “जब तक यह मंदिर पत्थर का नहीं बन जाता, मैं हमेशा एकाशन की तपस्या करता रहूंगा,” लेकिन युद्ध के मैदान में उनकी मृत्यु के कारण, उदयन अपनी प्रतिज्ञा पूरी नहीं कर सके, लेकिन उनके पितृ भक्त ने इसे पूरा करने के लिए कहा। अपने पिता की भावना से, धर्मनिष्ठ और राजनेता पुत्र बहाद मंत्री ने पत्थर से श्री शत्रुंजय का मुख्य मंदिर बनवाया और विक्रम संवत 1213 में कलिकाल सर्वज्ञ श्री हेमचंद्राचार्य के आशीर्वाद से इसे प्रतिष्ठित कराया।
इसके बाद वाघेला साम्राज्य में, महामन्त्री शितपाल-तेजपाल के समय में और उसके बाद भी, नए देव मंदिरों का निर्माण शुरू हुआ और तीर्थ की मूर्तिकला सजावट धीरे-धीरे बढ़ती गई। जिन मंदिरों का यह उत्थान अधिकतर दादा के मुख्य दरासर के आसपास हुआ।
लेकिन दुर्भाग्य से, यह वृद्धि कायम नहीं रह सकी और 14वीं शताब्दी के उत्तरार्ध में, विक्रम संवत 1369 में तीर्थ पर मुस्लिम आक्रमण के कारण, तीर्थ के मंदिर और मूर्तियाँ नष्ट हो गईं और तीर्थ बड़े खतरे में पड़ गया। ऐसे बड़े संकट के समय पाटन के श्रेष्ठी देशलाशा के महान और प्रतिभाशाली पुत्र समरशा ओसवाल ने यहां तीर्थ की प्रतिष्ठा को बहाल करने का बीड़ा उठाया और उन्होंने दो वर्ष के अल्प समय में ही तीर्थोद्धार का कार्य सफलतापूर्वक पूरा कर लिया। सिद्ध सेनसूरीश्वरजी की पवित्र उपस्थिति में, यह वरदान उनके ही हाथों से हुआ, जो 15वीं शताब्दी में उद्धार के रूप में स्मरणीय बन गया।
दो सदियों बाद, सोलहवीं शताब्दी ईस्वी के उत्तरार्ध में, मुस्लिम हमलों के कारण मंदिर फिर से नष्ट हो गया। इस बार चित्तौड़गढ़ के मंत्री स्वनमधान्य कर्मशा ने अदम्य साहस का परिचय देते हुए विक्रम संवत 1587 में इस तीर्थ का 16वां जीर्णोद्धार कराया और महान मंत्रविद्विशारद आचार्य भगवंत विधामंडनसूरिजी के हाथों प्रतिष्ठा प्राप्त की। ये महान आचार्य भगवंत इतने विनम्र और प्रसिद्धि से दूर रहने वाले थे कि प्रतिष्ठा के समय उन्होंने स्वयं का नाम लिए बिना “सर्व सुरिभ्य” शिलालेख खुदवाया।
महातीर्थ के जीर्णोद्धार की परंपरा मंत्रीश्वर कर्मशाह द्वारा कराया गया सोलहवां जीर्णोद्धार अब तक के अंतिम जीर्णोद्धार के रूप में दर्ज है। यह मोक्ष इतने शुभ समय पर और इतनी मजबूत नींव पर हुआ है कि मंदिर पर आई किसी विपत्ति या समय बीतने के कारण मंदिर के संरक्षण के लिए किसी नए मोक्ष की आवश्यकता नहीं है। हालांकि समय-समय पर मरम्मत रखरखाव आदि के कार्य किये जाते रहे।
आजकल विक्रम संवत 1650 (1594 ई.) में खंभात के श्री तेजपाल सोनी ने पुराने और जीर्ण-शीर्ण प्रसाद का पुनर्निर्माण कराया और इसे “नंदीवर्धन प्रसाद” नाम दिया, जिसका जीर्णोद्धार जगद्गुरु श्री हिरविजयसूरीश्वरजी ने कराया। फिर मूलनायक भगवान की महिमा का कोई उल्लेख नहीं है और उस पुनर्जीवन को जीर्णोद्धार का नाम नहीं दिया गया है। यही नंदिवर्धन प्रसाद ही वर्तमान में विद्यमान है। इस संबंध में विक्रम संवत 1650 का एक शिलालेख भी मौजूद है।
जैन शासन के प्रभाव और श्री शत्रुंजय तीर्थ की महिमा की वृद्धि दोनों ही दृष्टि से विक्रम की सत्रहवीं शताब्दी जैन सभ्यता के इतिहास में स्वर्णिम अक्षरों से अंकित है।
